Este espacio está ubicado en la planta superior del Antiguo colegio de San Juan y fue fundado por el obispo Juan de Palafox, quién donó su biblioteca particular de 6000 volúmenes a los seminarios tridentinos en 1646 con la sola condición de que se le permitiera el acceso a los volúmenes. Llegó a ser la más rica en impresos de toda la América española. el 31 de julio de 1981, fue decretada “monumento histórico de México”. El acervo de la palafoxiana asciende a 43,000 volúmenes.